在厭氧段，兼性細菌通過(guò)發(fā)酵作用，將污水中溶解性BOD轉化為低分子發(fā)酵產(chǎn)物-揮發(fā)性脂肪酸（Volatile Fatty Acid，VFA）。在沒(méi)有溶解氧或氧化態(tài)氨（NO2）的厭氧條件下，聚磷細菌能在分解細胞內聚磷酸鹽的同時(shí)產(chǎn)生ATP，并利用ATP將污水中的低分子發(fā)酵產(chǎn)物等有機物攝入細胞，以聚β-羥基丁酸鹽（PHB）、聚β-羥基戊酸鹽（PHV）及糖原等有機顆粒的形式貯存于細胞內，所需的能量來(lái)源于聚磷酸鹽的水解及細胞內糖的酵解，同時(shí)還將分解聚磷酸鹽所產(chǎn)生的磷酸排出胞外，這時(shí)細胞內還會(huì )誘導產(chǎn)生相當量的聚磷酸鹽激酶。

上述機理表明生物除磷系統的除磷率與厭氧階段細菌正常發(fā)酵作用所產(chǎn)生的底物量以及隨后的聚磷菌對發(fā)酵產(chǎn)物的同化和貯存量直接正相關(guān)。

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